Der Ursprung dieser 1997 erbauten Orgel reicht zum Teil über hundert Jahre zurück. Nachrichten über Vorgängerinstrumente im Münster lassen sich bis ins Jahr 1525 zurückverfolgen. Als die Münstergemeinde Ende des 19. Jahrhunderts einen Orgelneubau plante, trat sie 1898 mit dem Überlinger Orgelbaumeister Wilhelm Schwarz in Kontakt. Dieser lieferte 1903 ein zweimanualiges Instrument mit Pedal (II/P/27), ausgestattet mit pneumatischen Kegelladen und einer reich verzierten neogotischen Prospektfront.
Die Orgel wurde zunächst wegen ihres hochromantischen Klangbildes sehr geschätzt. In den 1930er Jahren ergänzte man sie jedoch um hellere Stimmen, um den gewandelten Klangvorstellungen Rechnung zu tragen. 1954 führten erneut veränderte musikalische Ideale schließlich nahezu zu einem Neubau. Es entstand eine nun dreimanualige Orgel im neobarocken Stil, in der ein Teil des alten Pfeifenwerks – allerdings in stark veränderter Form – weiterverwendet wurde. Ein mächtiger Freipfeifenprospekt mit 16′-Pfeifen erstreckte sich über die gesamte Breite der Empore, weshalb die rückwärtigen Obergadenfenster geschlossen werden mussten.
Vier Jahrzehnte später erwies sich die elektropneumatische Technik als stark überholungsbedürftig. Im Zuge der umfassenden Kirchenrenovierung entschloss man sich daher zu einem erneuten Neubau. Das inzwischen wiedererwachte Interesse an romantischen Orgelklängen lenkte den Blick auf einzelne Register der alten Schwarz-Orgel. Genauere Untersuchungen bestätigten die hohe Qualität des historischen Pfeifenmaterials, machten aber zugleich deutlich, wie tiefgreifend die Veränderungen im Laufe der Jahrzehnte gewesen waren. Eine vollständige Rückführung auf den Zustand von 1903 war nicht mehr möglich. Stattdessen entwickelte man ein neues Orgelkonzept auf Grundlage des erhaltenen Pfeifenbestands von Wilhelm Schwarz.
Aus der Restaurierung und Ergänzung des historischen Materials entstand das klangliche Grundgerüst der neuen Orgel, das im Sinne einer eigenständigen Neuschöpfung weiterentwickelt wurde.
Dabei verzichtete man weder auf farbenreiche Aliquotregister und charakteristische Zungenstimmen noch auf die klanglichen Möglichkeiten zweier Schwellwerke (II und III). Technisch entschied man sich wieder für das bewährte System der Schleiflade mit mechanischer Spiel- und Registertraktur. Gleichzeitig musste die Konstruktion den größeren Platz- und Windbedarf der ursprünglich für Kegelladen intonierten Pfeifen berücksichtigen, was insbesondere für Spieltraktur und Windversorgung besondere Anforderungen mit sich brachte.
Auf moderne elektronische Registrierhilfen wurde bewusst verzichtet. Der Grund dafür liegt in der besonderen Situation des Liebfrauen-Münsters: Elektronische Bauteile werden dort regelmäßig durch Blitzschläge beschädigt. Dennoch legte man bei der Gestaltung der Spielanlage großen Wert auf eine möglichst komfortable und benutzerfreundliche Bedienung.
Eine letzte überraschende Wendung nahm der Orgelneubau, als auf dem Dachboden des Pfarrhauses die gesamte obere Prospektfront der Orgel von 1903 wiederentdeckt wurde. Mithilfe historischer Fotografien konnte auch der Unterbau originalgetreu rekonstruiert werden. Der prachtvolle Prospekt weckt heute beim Betrachter jene Erwartungen an den Klang der deutschen Orgelromantik, die mit dieser Orgel eindrucksvoll ins Liebfrauen-Münster Radolfzell zurückgekehrt ist.
Im Jahr 2023 wurde die Orgel nochmals erweitert. Neben einer modernen elektronischen Setzeranlage erhielt das Instrument einen akustischen 32′-Fuß im Pedal, wodurch insbesondere im Tutti eine nochmals gesteigerte klangliche Tiefe und Gravität erreicht werden konnte.